В третьей части войска Внутренней Сферы пытаются уничтожить клан Дымчатых Ягуаров. После проведенных военных действий у Дымчатых Ягуаров осталась одна планета во Внутренней Сфере, Tranquil. Миссия игрока (под кодовым названием Damocles) уничтожить ключевые сооружения клана, фабрику по производству мехов и завод, и, наконец, добить Ягуаров, взяв планету под контроль.
Однако во время десантирования, Ягуары обстреляли флот Внутренней Сферы, из-за чего часть кораблей отступила, а часть была уничтожена. Игрок с командой из четырех мехов, единственные силы Внутренней Сферы, достигшие поверхности. Но игроку еще потребуется найти остальные мехи, а начинает игру он один, с Мобильной Ремонтной Базой (МРБ) и одним мехом. Цель продолжить миссию по уничтожению Ягуаров и позволить оставшимся десантным кораблям высадится на Tranquil.
В игре около 20 миссий, 18 мехов.
Игра в целом похожа на вторую часть, но с гораздо лучшей графикой, физикой, системой повреждений, повредив ногу, мех начинает медленней двигаться, при слишком сильном повреждении ног мех станет беспомощным, руку вообще может оторвать, что приведет к невозможности пользоваться оружием, которое на ней установлено.
МРБ является нововведением и позволяет проводить ремонт прямо во время боя, но поскольку базу могут уничтожить, нужно очень внимательно выбирать место для починки.
Перегрева меха, из-за которого он может выйти из строя, теперь можно избежать, если стрелять из воды.
Хорошо реализованы различные погодные условия.
Так же появятся напарники, которым можно отдавать команды.
К игре вышло одно дополнение MechWarrior 3: Pirate’s Moon. Включает в себя новый сюжет, 20 миссий, 6 мехов и новое оружие. Есть возможность выбора стороны конфликта.
