Daikatana попала в не слишком почетный список самых громких провалов в истории игростроения. Разрекламированная как многообещающий проект от создателя Doom и Quake, игра на деле имела многочисленные проблемы, баги, плохой ИИ, устаревшую графику и наконец огромные затраты на производство.

Третья попытка, наконец, то увенчалась успехом, Уоррен Спектор создал игру, в последствии ставшую культовой, Deus Ex.

Спектор начал разрабатывать игру еще в 1994 году, когда работал в Origin Systems. После разработки System Shock, Спектор хотел сделать что-нибудь более реалистичное, и решил сфокусировать сюжет вокруг заговоров.

Deus Ex сочетала в себе элементы FPS и RPG, созданная в жанре кибер-панка, и вышла в 2000 году. Критики отметили реиграбельность, продуманный сюжет и вариативность прохождения игры. Отрицательно критики отозвались о графике и системе вскрытия замков и техники, а также о слишком больших файлах сэйвов в игре. Многие игровые издания поместили Deus Exв список лучших игр в истории. Этот самый успешный проект Ion Storm.

Alexander Brandon, Dan Gardopée, Michiel van den Bos написали саундтрек для Deus Ex, который сочетал в себе жанры Техно, Джаза и Классики. Саундтрек также был очень хорошо принят.

Четвертым проектом стал Anachronox, в жанре RPG/Adventure, созданный Томом Холлом.

Проект так же имел проблемы по ходу создания. Игра создавалась почти три года и в итоге вышла готовой только на половину, но была хорошо встречена критиками и игроками. Anachronox появился в продаже в 2001 году. Вторая половина игры должна была выйти в виде сиквела, который в итоге остался на полке. Критики положительно отозвались о сюжете, персонажах и юморе игры.

Отдельно был отмечен саундтрек, который некоторые называли лучшим в истории игр.

Несмотря на положительные отзывы, игра так же не могла похвастаться большими продажами.

Пятым проектом стало продолжение Deus Ex, под названием Deus Ex: Invisible War, вышедшее в 2003 году.

В отличие от первой части, Invisible War был встречен не так хорошо. Несмотря на неплохие оценки по большей части вторая часть уступала оригиналу, по многим параметрам. Слишком долгие загрузки, неудобные бои и скоротечность игры, а также сокращение элементов RPG, были главными проблемами игры.

Шестым, и последним проектом стала третья часть культовой игры Thief.

Третья часть Вора разрабатывалась его создателями из Looking Glass Studio, но из-за финансовых проблем Looking Glass закрыли, а разработку отдали Ion Storm. Также часть работников Looking Glass, перешла в Ion Storm в Остине. Спеткор в 97 году принимал участие в создании первой части, однако по его словам, он совсем немного привнес в первого Вора.

Thief: Deadly Shadows разрабатывался довольно долго, и вышел одновременно на PC и Xbox, в 2004 году. Как и его предшественники, третий Вор получил хорошие оценки, за свет, звук, игровую вселенную и озвучку персонажей. Слабой стороной Вора стали технические характеристики из-за одновременной разработки на Xbox, маленькие размеры карт (на Xbox, 64 мегабайта памяти), плохие текстуры, анимация и проблемы с физикой.

После ухода Спеткора в 2004 году, еще нескольких сотрудников покинули Ion Storm, что фактически явилось концом компании. Официально компания закрылась в феврале 2005 года.